‘대한민국과학축전’은 IMF 금융위기가 시작되었을 때 과학기술에 대한 전 국민적 관심을 촉진하고 미래에 대한 희망을 세워 국가적 어려움을 극복하는 기회로 삼기 위해 출발했다. 한국과학문화재단 시절인 1997년 4월 ‘과학의 달’ 30주년을 맞이해 한강시민공원 여의도 지구에서 ‘느끼는 과학, 보이는 미래’를 주제로 처음 열린 대한민국과학축전은 44만여 명 관람이라는 대기록을 세웠다. 개막식과 가족과학경연대회, 과학동호인 한마당, 체험 한마당, 과학영화제, 과학사진전, 과학퀴즈 대회와 각종 전시행사 등 다채로운 과학축제의 전형을 보여주었던 제1회 과학축전의 성공을 계기로 이후 대한민국과학축전은 범국민적 행사로 발전했다.
매해 꾸준히 이어진 대한민국과학축전은 2006년 10회를 맞아 ‘함께한 10년, 함께할 100년!’을 주제로 2006년 8월 11일부터 8월 15일까지 일산 킨텍스에서 열렸다. 150여 국내외 단체가 참여해 총 500여 개 과학체험프로그램을 운영하였고, 16만 명이 넘는 관람객이 방문하여 성황을 이루었다. 창립 40주년을 맞은 2007년, 재단은 더욱 풍성하고 의미 있는 축전을 개최하기 위해 프로그램 구성에 각별한 노력을 기울였고 행사 기간도 전년보다 하루 늘렸다. 참가 규모도 크게 늘어 180여 개 단체에서 참가하였으며 프로그램 수도 600여 개에 달했다.
대한민국과학축전은 2011년 15회를 맞아 ‘대한민국과학창의축전’이라는 새로운 명칭과 포맷으로 바뀌었다. ‘미래로 떠나는 신나는 과학창의여행’을 주제로 거행된 과학창의축전은 관람객들의 더욱 뜨거운 관심을 받았다. 광복 70주년을 앞두고 거행된 2015년 축전에는 34만 명이라는 사상 최대 인파가 몰렸다. 기존의 축전 프로그램에 우리나라 과학기술 역사를 융합해 어린 학생들은 물론 어른들까지 과학기술을 함께 체험할 수 있도록 한 것이 큰 호응을 얻은 비결이었다. 과학기술 부처가 생긴지 50년이 되는 해이자 축전 20주년을 맞이한 2016년에는 과학기술 50년 전시관과 축전 20년의 역사사진전을 구성하여 그 의미를 더했다. 또한 일제강점기의 김용관 선생이 주도한 과학데이 행사를 벤치마킹, 축전 최초로 사이언스페스타를 개최하여 전시장 밖에서 축전 참가자와 일반 시민들이 함께하는 퍼레이드를 펼치는 등 새로운 도심·거리형 축제로 마련되어 큰 성원을 받았다. 2017년에는 ‘꿈을 만나다, 함께 그리다, 새로운 미래를 열다’라는 주제로 미래과학기술이 만들어 갈 생활의 변화를 자연스럽게 즐기며 체험할 수 있도록 꾸며졌다. 특히 미래헬스케어, 미래첨단로봇, 미래운송 등 4차산업혁명과 관련된 미래 과학기술 콘텐츠를 직접 보고, 체험할 수 있도록 해 많은 관람객의 발길을 모았다.