교육 환경의 변화와 지식·정보의 급증으로 이전보다 적시학습이 매우 중요해짐에 따라 교육정책 연구와 연수를 동시에 수행할 수 있는 연수기관 설립이 필요해졌다. 정부에서는 2011년 12월 ‘교원 연수 선진화 방안’을 수립하고 연수기관의 민간 개방 확대, 교육정책과 교원연수 연계 강화 등을 목적으로 종합교육연수원 설치·인가 대상 기관을 확대하였다. 이에 한국과학창의재단은 대연수실 1개, 중연수실 4개, 소연수실 6개, 수학·과학교육 실습실, 해외 우수 리소스존 등 우수 연수 환경을 조성하는 등 관련 요건을 갖추고 2012년 5월 교육과학기술부로부터 ‘종합교육연수원’ 인가를 받았다. 또한 다음 달인 6월에 사이버교육 여건을 완비하고 ‘원격교육연수원’ 인가까지 추가했다.
종합·원격교육연수원 인가로 재단은 교원의 능력 배양을 위한 연수 등 각종 연수를 실시하고 학점을 부여해 우수한 교육 전문가를 양성하는 대표적 기관으로 거듭나는 계기를 마련할 수 있었다. 연수원에서는 국내외 사례를 살피고 재단의 장점을 활용한 효과적인 연수모델을 개발하는 한편, 직무연수 운영 및 이수증 발급 프로세스를 체계화하는 등 안정적인 연수원 운영에 매진했다. 설립 당시에는 이사장·연수원장 겸직 체제였으나 2015년부터 교육연수원장 별도 발령으로 연수원의 독립성 및 전문성을 강화하였다. 지속적인 예산 증가로 시스템 운영기능 개선 및 연수의 질적 향상 도모에도 노력을 기울였다.
한국과학창의재단 종합·원격교육연수원의 특징은 교육부 정책과제와 연계한 연수가 구성되므로 교원들이 적시에 타 연수기관에 없는 과정을 무료로 연수할 수 있다는 것이었다. 더하여 STEAM 입문과정 같은 프로그램을 통해 생활과학교실 강사 및 대학생 등 일반인도 자율연수로 참여하여 수료증을 받을 수 있다는 것도 차별화된 점이었다. 무엇보다도 우수한 점은 온·오프라인 연수의 장점을 결합한 혼합형 연수가 가능하고 연수 효과를 배가시킬 수 있다는 것이었다. 교사들이 직접 프로그램 개발에 참여함으로써 현장 적응력이 높은 검증된 연수 콘텐츠를 제공할 수 있어 수강자 만족도가 높은 것도 장점이다.
재단에서는 콘텐츠 개발 단계별로 전문가풀을 구성하여 교육 품질 검수 및 피드백 강화에 힘쓰면서 보다 양질의 콘텐츠를 제공할 수 있도록 최선을 다했다. 이러한 노력의 결과 종합·원격교육연수원은 시대가 요구하는 창의·융합 교육전문가 양성 기관으로서 최상의 서비스를 제공하는 인재양성 플랫폼으로 진화를 거듭하였다.